Ο Ιωάννης Ναϊτίδης υπηρετεί την Τοπική Αυτοδιοίκηση από το 2014, αρχικά ως Σύμβουλος και έπειτα ως Πρόεδρος της Κοινότητας Αλεξανδρούπολης και Δημοτικός Σύμβουλος. Από την 1η Ιανουαρίου 2024 είναι Αντιδήμαρχος Καθημερινότητας, Τεχνικών Έργων και Πολεοδομίας του Δήμου Αλεξανδρούπολης. Έχει την εποπτεία της Τεχνικής Υπηρεσίας και της Πολεοδομίας, των μελετών και έργων, της συντήρησης σχολείων και δημοτικών υποδομών, της οδοσήμανσης, του ηλεκτροφωτισμού και των κοινόχρηστων χώρων. Καθημερινά βρίσκεται στο πεδίο, δίπλα στα έργα και στους πολίτες. Δίνει ιδιαίτερη βαρύτητα στη βελτίωση των σχολείων, στη βιώσιμη αστική κινητικότητα και στην καθολική προσβασιμότητα των ατόμων με αναπηρία, για μια ασφαλή πόλη χωρίς αποκλεισμούς.